As Tartarugas e seu novo mentor, o Destruidor, descobriram rapidamente que sua missão de recrutar novos aliados para lutar contra o rei Rato e seus asseclas (Baxter Stockman, Madame Null e o recém-formado MetalKrang) em Nova York tem seu próprio conjunto de circunstâncias perigosas. Na Dimensão X, Michelangelo e os Neutrinos são forçados a se juntar ao Nova Posse como possíveis caçadores de recompensas. Enquanto isso, na Dimensão Z, o Destruidor e o Dark Leo percebem que devem empreender uma missão de resgate mortal se quiserem ter alguma chance de trazer Cherubae para o seu lado. E na Terra, Raphael está descobrindo que nada é fácil quando o Velho Hob está envolvido, enquanto por perto, Donnie e Jennika têm sua cota de problemas perigosos, e não menos importante são as misteriosas Tartarugas Nulas!