Com Leonardo, Michelangelo e Raphael afastados em busca de novos aliados para se juntarem aos mocinhos contra a última jogada mortal do Rei Rato, cabe a Donatello e Jennika liderar a luta na Cidade Mutante contra o terrível trio do prefeito Baxter Stockman, General Krang, e Madame Nula. Mas será que um perigoso quarteto de tartarugas ninja mutantes mascaradas e um vivisseccionista louco empenhado em vingança – para não mencionar os invasores da EPF e os furiosos soldados Utrom! – sabotarão seus esforços antes mesmo que eles possam começar a cavar? Este novo arco serve como uma ligação direta com TMNT: O Jogo do Armageddon!