Tendo protegido April O’Neil em sua jornada de volta para casa da Vila Oculta da Folha, as Tartarugas Mutante Ninja e o Time 7 estão prontos para relaxar, pegar um lanche e chamar isso de outra missão bem-sucedida. As luzes brilhantes da cidade da Vila da Grande Maça lançam sombras escuras, no entanto, e quando eles retornam ao covil das Tartarugas, ele foi saqueado. April e Splinter se foram, e há apenas uma pessoa que pode ser responsável. Naruto, Sakura, Sasuke e Kakashi devem ajudar a salvar seus companheiros desaparecidos e a amostra de Ooze de April antes que seja tarde demais, ou a busca obstinada de poder de Destruidor não ameaçará apenas uma vila, mas todas elas.