Quando Naruto, Sasuke, Sakura e Kakashi recebem uma missão para escoltar a repórter April O’Neil e a pesquisa de mutação que ela está protegendo de volta para sua casa na Vila da Grande Maça, eles não esperam ser atacados pelo Clã do Pé. As Tartarugas Mutantes Ninja chegam bem a tempo de derrotar a emboscada do Pé, mas, apesar do inimigo em comum, os dois times têm muito a aprender um sobre o outro se quiserem se dar bem! Enquanto as Tartarugas apresentam ao Time 7 suas vidas, o Clã do Pé vê outra oportunidade de roubar os segredos do ooze para si…